Vom distinge două tipuri de persecuţii religioase:
  1. represiunea brutală (lichidarea fizică sau aruncarea în temniţă a preoţilor şi credincioşilor, interzicerea unor culte, închiderea sau dărâmarea lăcaşurilor de cult) şi
  2. persecuţiile indirecte (propaganda ateistă, presiuni asupra clerului, infiltrarea în rândurile membrilor cultelor a unor agenţi ai Securităţii).

Primele represiuni brutale s-au îndreptat împotriva greco-catolicilor, romano-catolicilor, adventiştilor şi sioniştilor. Se cunoaşte faptul că, din ordinul Moscovei, statul comunist a integrat forţat, în anul 1948, Biserica Greco-Catolică în cadrul Bisericii Ortodoxe. În această împrejurare, sute de preoţi şi credincioşi greco-catolici şi romano-catolici au fost aruncaţi în închisori. Deşi mulţi preoţi ortodocşi au fost şi ei închişi după 1948, Biserica Ortodoxă, ca instituţie a fost cruţată, în special în timpul vieţii patriarhului Justinian, care avea relaţii speciale cu Gheorghe-Dej (cu toate acestea, numeroase mănăstiri au fost desfiinţate iar călugării - alungaţi). După moartea patriarhului Justinian, politica de menajare a Bisericii Ortodoxe se transformă într-una de infiltrare. Biserica a început să facă concesie după concesie în anii dictaturii lui Ceauşescu; acum au fost dărâmate zeci de biserici, erau bătuţi noaptea preoţi cu har (cazul părintelui Galeriu), iar făptaşii rămâneau neprinşi. Pactul cu diavolul pe care l-a făcut conducerea Bisericii Ortodoxe, căci evident despre asta era vorba, se justifică astăzi, de către unii, ca singurul mijloc de a salva ceea ce mai era de salvat; într-adevăr, bisericile au fost pline de credincioşi în cei 45 de ani de comunism.